黑河瑷珲历史悠久，见证了中国东北边疆的沧桑变迁，明朝时期：永乐皇帝为应对元朝残余势力之间的斗争，在黑龙江左岸精奇里江与黑龙江汇合处的下游一带，今俄罗斯维谢雪村附近，筑起了隶属奴尔干都司的忽里平寨，这是瑷珲城的前身清朝初期：1674 年（康熙十三年），清政府为巩固东北边疆，遏制沙俄的侵略活动，分吉林水师营移驻黑龙江，并在忽里平寨旧址筑城，史称瑷珲城。1683 年（康熙二十二年）清政府设立黑龙江将军衙门，任命宁古塔副都统萨布素为黑龙江将军驻守瑷珲城。1684 年，因瑷珲城僻处江左，往来交通不便，清政府在江右下游距离瑷珲城 12 里地方筑城，即瑷珲新城。1685 年，黑龙江将军衙门从江左移驻江右瑷珲新城。
近代时期：《瑷珲条约》签订：1858 年 5 月，英法联军进犯天津、威胁北京，俄国东西伯利亚总督穆拉维约夫趁机率领兵船驶至瑷珲，向清朝黑龙江将军奕山提出俄方拟定的条约草案，并以武力相威胁。5 月 28 日，奕山被迫与穆拉维约夫签订《瑷珲条约》，该条约使中国失去了黑龙江以北、外兴安岭以南六十多万平方公里的领土，乌苏里江以东的中国领土划为中俄 “共管”，原属中国内河的黑龙江和乌苏里江只准中、俄国两国船只航行。
庚子俄难：1900 年（光绪二十六年）8 月，沙俄侵略军从南、北、东三面夹攻瑷珲城，瑷珲城军民在清军将领寿山、凤翔等率领下奋起抵抗，最后因寡不敌众，瑷珲城池失陷。沙俄侵略者将这座具有 200 多年历史的古城付之一炬，仅留下魁星楼见证了瑷珲城那段风雨沧桑的历史。
近现代时期
瑷珲城的收复与重建：1907 年（清光绪三十三年）2 月，姚福升奉命署理瑷珲副都统，收复了瑷珲城，并在瑷珲城旧址的西北重建新城，瑷珲城再度成为瑷珲副都统衙门驻地。
行政区划变迁：1913 年改瑷珲厅置瑷珲县，属黑龙江省黑河道，治所即今黑龙江省黑河市南爱辉镇。1934 年，瑷珲县迁治黑河屯（今黑河市）。1956 年改名爱辉县，1983 年裁入黑河市。海关发展：瑷珲海关是黑龙江沿岸最早设立的海关，其前身瑷珲分关于 1909 年设于瑷珲。1911 年瑷珲分关移址于黑河，1921 年升格为独立正关，称瑷珲海关。在历史上，黑河海关经历了洋人帮办、日伪强占等阶段，新中国成立后，黑河海关随着中苏关系及两岸贸易的变化而发展。