赤湾烟墩位于小南山山顶，它的修建年代与东莞守御千户所是同一时期，为东莞守御千户所前哨，同时修建的还有岗墩、伏涌墩、嘴头墩、赤岗墩、鳌湾墩，共6座墩台。
每墩设“守旗军”5人，由东莞守御千户所分拨。墩台之制起源于汉代烽火台，明代改称墩台，又称烟墩。在边防地区外围的制高点上派驻士兵，遇到重大敌情时夜晚点烽火、白天放烟，以示警报，达到迅速传递敌情的目的。
  

烽火台，俗称烽堠、烟墩，通过点燃烟火来传递军情。小南山顶的赤湾烟墩，又名小南山烽火台。它曾在深圳抗击倭寇、海盗的历史中发挥过重要作用。
清康熙版《新安县志·防省志》曾记载官兵在此抗击海盗的事件：“（嘉靖）三十年，海寇何亚八率彝人入寇东莞所，千户万里守南山烟墩，遇贼战死。后指挥使李茂材率官兵剿之。”南山烟墩就是现在的赤湾烟墩。

赤湾烟墩建于明洪武二十七年（公元1394年），海拔280米，赤湾烟墩的地理位置与形势也极为险要，它与冈墩、伏涌墩、嘴头墩、赤岗墩、鳌湾墩均隶属于东莞守御千户所（南头古城）。站在墩台上，极目眺望，南可览内伶仃岛、伶仃洋，东可望至深圳、香港元朗一带，西面的珠江口和北面的前海、福永海及南头古城、后海等尽收眼底。因此，赤湾烟墩是东莞守御千户所所辖最重要的一个烟墩。


　　1988年7月，赤湾烟墩遗址被深圳市政府公布为“市级文物保护单位”；2001年，南山区政府对它进行了重修。如今，人们徒步至小南山山顶，依然能在一片绿意中登上赤湾烟墩，瞭望整个赤湾及周边海域，怀古追远。